Das Kirchenspiel Täuffelen unterhielt bis zur Reformation in Mörigen im Oberdorf eine Kapelle. Diese muss sich an dem Standort befunden haben, wo später das alte Schulhaus (heute Liegenschaft Daniel Wyss, Alte Bielstrasse 6) zu stehen kam. Diese Kapelle wurde 1450 erbaut. Biel hatte dazu 1 Dublone und 5 Kreuzer beigesteuert. Bei einem wichtigen Tausch von Pfrundgütern der Kirche von Täuffelen 1497 war dies unter der ausdrücklichen Bedingung geschehen, „....das ein Kirchherr zu Täuffelen gegenwärtiger und künftiger schuldig und verbunden syn soll, die Kapellen zu Obermörigen zu versehen und besonders all Monat einist, ouch uff der Kirchweye und der Patronen Tag daselbst Mess zu lesen.“ Bei den erwähnten Pfrundgütern, die getauscht worden waren, handelte es sich um 6 Jucharten in Mörigen, gegen 6,5 Jucharten auf den Leimern bei Täuffelen und verschiedene Stücke auf der Frenschern. Im Jahre 1515 wurde die Kapelle neu ausgestattet. Nach der Reformation hiess der erste Pfarrer von Mörigen Jürg Blösch von der Kirche von Täuffelen. Am 2. April 1540 zerstörte ein Grossfeuer das ganze Oberdorf, „...wo ein jeder übel verbrunnen ist“. Die Gnädigen Herren von Bern liessen den Geschädigten durch den Vogt von Nidau 100 Dublonen zukommen. Aus dem Reisrodel geht hervor, dass Mörigen drei Wehrpflichtige stellen musste.
Die Weinstrasse selber begann im Häfeli von Lattrigen, an der sogenannten Frienisbergländti, und führte über den Mörigenweg zum Stöckweg durch den Wald nach Hermrigen und über Aarberg nach Bern. Nach mündlicher Überlieferung befand sich im Bauernhaus (heute Familie Zahnd), das damals direkt an der Weinstrasse lag, eine Schenke. Es darf angenommen werden, dass die Fuhrleute, bevor sie den Anstieg nach Hermrigen in Angriff nahmen, eine Stärkung nötig hatten. Fuhrleute hatten schon immer Durst!
Bis zum Jahr 1884 wurde auch in der heutigen Liegenschaft Willi Wyss eine Wirtschaft unterhalten. Als der Grossvater von Willi Wyss den Hof kaufte, wurde mit dem Besitzerwechsel die Wirtschaft aufgegeben.
Um 1783 standen in Ober- und Niedermörigen 20 Häuser, dazu 3 Einzelgebäude oben im Ried, seit 1869 noch deren zwei. Das Dorf liegt zwischen dem See und dem Oberholz / Ried. Das gewellte Hanggelände weist Terrassenform auf. Ähnlich wie im ebenfalls zweiteiligen Gerolfingen wird die Süd-Nord verlaufende Dorfachse mit ihren charakteristischen Hohlwegpartien seit jeher von der Durchgangsroute gequert. Diese führte einst durch das Oberdorf. Die 1873/1875 etwas weiter unten neu angelegte Hauptstrasse, die 1916 mit dem Bau der BTI-Bahn ergänzt wurde, trennt seither Ober- und Untermörigen. An der neu entstandenen Kreuzung wurde 1919 der Heimatstilputzbau des „Sternen“ (Restaurant Wälti, heute „Seeblick“) erbaut, der 1920 eröffnet wurde.
Bereits im 16. Jahrhundert stand in Mörigen eine Mühle am Mühlibach (Graben, der neben dem Haus von Ruedi Bauder in den See entwässert). Auch eine Oelpresserei war schon in Betrieb. Diese stand am Oelebach (unterhalb der heutigen Liegenschaft Ruedi Liechti am Oeleweg). Im 16. Jahrhundert waren die Wasserfassungen noch nicht ausgebaut und es flossen darum grössere Wassermengen durch die natürlichen Gräben.
Eine sehr geschätzte Sömmerungsweide war von alters her der Mörigenberg ob Sankt Immer, der, wie bereits erwähnt, von den Edelknechten von Mörigen gekauft worden war und später in den Besitz von Anteilhabern von Mörigen, Sutz-Lattrigen, Epsach, Limpach und Büren zum Hof übergegangen ist, und deren Erben den Berg noch heute besitzen. In Mörigen betrifft dies die Familien Hofmann und Siegenthaler.
1768 wurden die Gemeinden Sutz-Lattrigen und Mörigen aufgefordert, die Weinstrasse besser zu unterhalten. Zu diesem Zweck kaufte die Gemeinde Mörigen einen Grienacker zur Kiesausbeutung in Lattrigen. Diese Kiesgrube wurde noch bis in die 50er Jahre genutzt, bis die ganze Grube zwischen der Firma Leibold und der Geleiseanlage der BTI zugeschüttet wurde. Anstelle des ehemaligen Grienackers besass Mörigen dort noch lange eine Landparzelle.
Abgesehen von der erst im 19. Jahrhundert entstandenen Verdichtung an der Oberdorfkreuzung / Alte Bielstrasse präsentiert sich die bäuerliche und gewerbliche Bebauung locker. Man kann von teilweisem Streusiedlungsprinzip sprechen. Seit 1950 verwandelte sich das kleine Bauerndorf, dank Stadtnähe, See- und Jurasicht zur bevorzugten Wohngemeinde mit Vervierfachung der Bevölkerung.
Die Bauzonen wurden zum Teil um aktive Bauernhöfe herum angeordnet. Kaum mehr gebräuchlich sind heute die Bezeichnungen von Ober- und Niedermörigen. Sie mussten den Ausdrücken Ober- und Unterdorf weichen. Auch der Ortsname hat wechselnde Schreibweisen erlebt. Vom 12. bis ins 19. Jahrhundert waren zum Teil nebeneinander die folgenden Varianten gebräuchlich: Moringen, Muringen, Morens, Moirenges, Möringen. Seit dem Ende des 18. Jahrhunderts hat sich dann die noch heute gültige Form Mörigen durchgesetzt.