Dem Berner  „Alterthumsforscher" A. Jahn wurde 1843 während Ausgrabungen auf der Kanincheninsel durch einen Arbeiter vom Fund eines Keramikgefässes in Mörigen berichtet. Ein Jahr später liess er sich durch einen Fischer zu der Stelle im See bringen und „entdeckte" die Möriger Pfahlbauten. Er gab sein Wissen an E. Müller aus Nidau weiter, der seit 1847 im Mörigen - Eggen forschte. 1854 gilt als Entdeckungsjahr der Pfahlbauidee durch F. Keller aus Zürich. Danach begannen F. Schwab aus Biel, E. Désor aus Neuchâtel und V. Gross aus La Neuveville mit Hilfe von ortsansässigen Fischern auch in Mörigen zu sammeln.  Müllers Funde wurden 1856 an Schwab verkauft, der 1865 seine „Pfahlbausammlung“ als Grundstock für ein zu bauendes Museum an die Stadt Biel vermachte. Das Museum Schwab besitzt seither die grösste Sammlung Möriger Funde.

Zu Beginn der Juragewässerkorrektion von 1868 an sank der Seespiegel um fast 2 m. Die jetzt trockenen Fusses erreichbaren Dorfruinen waren weithin sichtbar und der hemmungslosen Suche nach „Pfahlbauschätzen“ ausgeliefert. 1873 wurde ein staatliches Verbot erlassen, das die planlosen Aktivitäten der Sammler und Antiquitätenhändler beenden sollte. Im gleichen Jahr setzten Ausgrabungen des bernischen Staates ein, bei denen ein Grossteil der Fundstelle systematisch umgegraben wurde. Da diese Unternehmung durch den Verkauf von Funden finanziert wurde, gelangten Möriger Funde in archäologische Museen auf der ganzen Welt. Das Bernische Antiquarium, als Vorgänger des Bernischen Historischen Museums hatte Vorkaufsrecht, so dass sich dort heute die zweite sehr grosse Mörigen-Sammlung befindet.

Wie die Dörfer in der Mörigenbucht ausgesehen haben, können nur moderne Untersuchungen zeigen. Durch die Ausgrabungen des 19. Jahrhunderts dürfte vieles zerstört sein. Trotzdem ist es möglich, mit heutigen Methoden die Geschichte der Besiedlung zu rekonstruieren. Parallelen an anderen Fundorten des Bielersees machen deutlich, dass die frühere Vorstellung von Pfahlbaudörfern im offenen Wasser des Sees nicht mehr zutrifft. Vieles spricht dafür, dass die Häuser einzeln (und nicht auf Plattformen) am damals trockenen Strand errichtet worden waren. Wegen saisonal auftretenden Ueberschwemmungen wurden die Häuser vermutlich leicht vom Boden abgehoben errichtet. Früher als Brücken bezeichnete Pfahlreihen werden heute als Reste von Bohlenwegen angesehen.

Wir kennen heute am Bielersee und an der unteren Zihl 35 prähistorische Siedlungsplätze, die eine Vielzahl von Dörfern aus der Zeit zwischen 3800 und 850 v.Chr. umfassen. Seit den Eingriffen in den Wasserhaushalt des Sees durch die Juragewässerkorrektionen sind diese Siedlungsreste einer verstärkten Erosion ausgesetzt. Fundreiche Kulturschichten und Pfahlfelder werden seit einigen Jahren mehr und mehr zerstört. Im Rahmen von Ausgrabungen des Bielerseeprojekts versucht der Archäologische Dienst des Kantons Bern unwiederbringliches  Kulturgut zu retten und Schutzmassnahmen gegen die Erosion einzuleiten. Archäologische Funde des Neolithikums und der Bronzezeit aus Mörigen und vom Bielersee sind in der Region im Museum Schwab Biel, im Pfahlbaumuseum Lüscherz und im Historischen Museum Bern ausgestellt.